Das heutige Gemeindegebiet dürfte etwa im 8. und 9. Jahrhundert besiedelt worden sein. Als Hauptbeweis dienen die Ortsnamen auf -dorf, die für diese Rodungszeit typisch sind. Bereits aus dem 9. Jahrhundert stammen erste Hinweise auf eine Kirche in Patersdorf, mit dem Hl. Martin als Patron. Eine erste urkundliche Erwähnung findet der Ort im so genannten "Herzogsurbar" aus den Jahren 1301 und 1307.

Die Gemeinde wurde dann 1818 aus den damals noch eigenständigen Gemeinden Patersdorf, Haidenberg und Prünst gebildet. Von 1978 bis 1989 gehörte die Gemeinde Patersdorf zur Verwaltungsgemeinschaft Ruhmannsfelden. Seit 1. Januar 1990 ist die Gemeinde wieder selbständig. Die Hauptorte sind Patersdorf, Prünst, Schönberg, Zuckenried, Knabenhof und Haidenberg.

Die Beschreibung des neuen Wappens lautet: „In Blau unter einem erhöhten silbernen Göpel und über aufgeschichteten silbernen Granitblöcken schräg gekreuzt ein goldener Pfeil und ein goldenes Schwert“. Der Inhalt des Hoheitszeichens ist wie folgt zu begründen: Das alte heraldische Zeichen des „Göpels“ symbolisiert im Wappen von Patersdorf das Zusammentreffen zweier wichtiger Bundesstraßen, die Patersdorf zu einem lokalen Verkehrsknotenpunkt machen. Schwert und Pfeil verweisen auf die Pfarrkirche. Sie ist dem hl. Martin geweiht (Attribut: Schwert) und besitzt eine alte Wallfahrt zum hl. Sebastian (Attribut: Pfeil). Die Granitblöcke im unteren Teil des Schildes beziehen sich auf die Steinbrüche im Gemeindegebiet (Granitindustrie) und auf das Naturdenkmal des Pfahls.

Die Silber-Blau-Tingierung erinnert daran, dass Patersdorf immer Teil des Herzogtums und Kurfürstentums Bayern war (Landgericht Viechtach). Die zeichnerische Ausführung des Wappens entspricht den künstlerischen und heraldischen Voraussetzungen. Das Wappen unterscheidet sich hinreichend im Sinne des § 7 Abs. 2 NHGV vom 12.03.1973 von den schon bestehenden kommunalen Wappen in Bayern. Die Gemeinde kann auch eine eigene Fahne annehmen, für deren Farbgebung die Wappenfarben maßgebend sind (§ 7 Abs. 3 NHGV und Ziff. 27 NHG-Bek vom 30.04.1973 – MABl S. 341). Die Fahne mit drei Streifen kann daher in der Farbenfolge Gelb-Blau-Gelb ausgeführt werden. Der Fahne soll das Wappen aufgelegt werden. Die Zustimmung der Regierung, der der Antrag auf dem Dienstweg über das zuständige Landratsamt vorzulegen ist, wird fachgutachtlich befürwortet.

Beizufügen sind dem Antrag: Beglaubigte Abschrift des Gemeinderatsbeschlusses über die Annahme des Wappens und der Fahne, beiliegender Abdruck dieses Gutachtens und drei Wappenabbildungen (davon zwei in farbiger und eine in schwarz-weißer Ausführung) und eine farbige Fahnenskizze.Die für die amtliche Wappensammlung des Bayerischen Hauptstaatsarchivs und das zuständige Staatsarchiv bestimmten Belegstücke der Wappenabbildungen wurden bereits übergeben.

• Anger
• Bernwinkl
• Grünbach
• Häuslern
• Haidenberg
• Hampermühle
• Handling
• Harthof
• Hinterleuthen
• Irlach

• Knabenhof
• Masselsried
• Mooshof
• Neumühle
• Patersdorf
• Perlesried
• Prenning
• Prünst
• Schön
• Schönberg

• Schwarzen
• Steineröd
• Südweging
• Tradweging
• Weidwies
• Wildtier
• Zottling
• Zuckenried

Patersdorf liegt in der Region Donau-Wald im Teisnachtal mitten im Naturpark Bayerischer Wald direkt am Schnittpunkt der Bundesstraßen 11 und 85 etwa 11 km südöstlich von Viechtach, 22 km nördlich von Deggendorf, 13 km nordwestlich der Kreisstadt Regen sowie 23 km von Zwiesel entfernt.

Patersdorf besitzt einen Haltepunkt der Länderbahn an der Bahnstrecke Gotteszell–Viechtach.

Es existiert nur die Gemarkung Patersdorf.